Afdlin dilahirkan pada 19 Mei 1971 di Johor Bahru, Johor dan merupakan anak sulung daripada 10 beradik kepada Aksan Abdullah dan Fadzillah Jelani. Beliau berkahwin dengan Maria Christina Orow pada 1997 dan dikurniakan dua anak — Mia Sara (lahir 1998) dan Anais (lahir 2000).

Ibu beliau, Fadzillah meninggal dunia pada 15 Oktober 2018 di Institut Jantung Negara (IJN) selepas menjalani pembedahan pintasan jantung pada 9 Oktober.[2] Adik bongsunya, Jeffri Adzman, seorang penyunting video meninggal dunia di Hospital Thomson Kota Damansara, Petaling Jaya selepas terbabit dalam kemalangan di yang menyebabkannya mengalami cedera parah di kepala. Afdlin dilaporkan memohon bantuan orang ramai mengesan kereta Perodua Myvi berwarna hijau yang dipercayai melanggar Jefri dalam insiden pada Ahad, 9 Jun.[3][4]